Ο Χάινριχ (Ερρίκος) Σλήμαν, ο άνθρωπος που έφερε στο φως την αρχαία Τροία, επέλεξε να συνεχίσει τις έρευνές του στον Ελλήσποντο, παρά να ξεκινήσει ένα μεγάλο εργοτάξιο ανασκαφών στην Κρήτη. Ωστόσο, το νησί είχε ήδη κεντρίσει το ενδιαφέρον του, καθώς υποψιαζόταν ότι στο Ηράκλειο ενδέχεται να βρει το θρυλικό παλάτι του μυθικού βασιλιά Μίνωα.
Κατά τα τέλη του 19ου αιώνα, ο Ηρακλειώτης έμπορος και ερασιτέχνης αρχαιοδίφης Μίνως Καλοκαιρινός είχε ήδη στρέψει το βλέμμα του προς τον λόφο της Κνωσού, όπου υποψιαζόταν πως κρύβονταν τα κατάλοιπα ενός σπουδαίου προϊστορικού πολιτισμού. Ο Καλοκαιρινός ξεκίνησε περιορισμένες ανασκαφές και εντόπισε τις πρώτες αποδείξεις ύπαρξης ενός ανακτόρου, αποκαλύπτοντας δύο αποθήκες. Διατηρούσε μάλιστα στην κατοχή του τα δικαιώματα του οικοπέδου και ζητούσε 100.000 χρυσά φράγκα για να τα παραχωρήσει. Παρά τις διαπραγματεύσεις, ακόμα και η μειωμένη πρόταση των 40.000 φράγκων φάνηκε υπερβολική στον Σλήμαν, ο οποίος τελικά αποσύρθηκε. Το γεγονός αυτό άνοιξε τον δρόμο για έναν άλλον αρχαιολόγο: τον Βρετανό Άρθουρ Έβανς.
Ο Έβανς, διευθυντής του Ashmolean Museum στην Οξφόρδη και θαυμαστής του έργου του Σλήμαν, διείδε τις δυνατότητες που έκρυβε το κρητικό έδαφος. Από το 1895 άρχισε να αποκτά σταδιακά μικρά τεμάχια γης στον χώρο της Κνωσού. Η επιμονή του και η προνοητικότητα του απέδωσαν καρπούς: στις 23 Μαρτίου του 1900 ξεκίνησε τις πρώτες του ανασκαφές, με ένα συνεργείο τριάντα εργατών, αριθμός που γρήγορα αυξήθηκε στους εκατό.
Καθώς προχωρούσαν οι ανασκαφές, άρχισε να αποκαλύπτεται ένα εκτεταμένο ανάκτορο, ηλικίας άνω των 3.500 ετών. Ο Έβανς ήταν πεπεισμένος πως είχε εντοπίσει την πρωτεύουσα του Μινωικού πολιτισμού, την ίδια την Κνωσό που περιγράφεται στους ομηρικούς μύθους. Οι αρχαιολογικές αποκαλύψεις έφεραν στο φως κατοικίες, αποθήκες, διαδρόμους, σκάλες, αυλές και χώρους που ο Έβανς θεώρησε πως αντιστοιχούσαν στα βασιλικά διαμερίσματα του Μίνωα και της οικογένειάς του.
Ωστόσο, η ερμηνευτική μέθοδος του Έβανς προκάλεσε αντιδράσεις. Συχνά βασιζόταν περισσότερο στη διαίσθηση και στη δική του φαντασία, παρά σε αυστηρή επιστημονική τεκμηρίωση. Για παράδειγμα, η ανακάλυψη ενός αλάβαστρινου θρόνου σε έναν χώρο τον οδήγησε να χαρακτηρίσει το δωμάτιο αυτό «Αίθουσα του Θρόνου» — χωρίς αδιάσειστα στοιχεία που να επιβεβαιώνουν την ταυτότητα ή τη λειτουργία του χώρου. Παρόμοιες ερμηνείες δόθηκαν και για πλήθος τοιχογραφιών και αρχιτεκτονικών στοιχείων.
Με την πάροδο των ετών, ο Έβανς προχώρησε σε εκτενείς ανακατασκευές, χρησιμοποιώντας στην αρχή ξύλο και στη συνέχεια κυρίως τσιμέντο. Αν και οι παρεμβάσεις του προσέδωσαν στον χώρο εντυπωσιακή όψη και έκαναν την Κνωσό προσιτή στο ευρύ κοινό, η προσέγγισή του σήμερα θεωρείται αμφιλεγόμενη. Η αναπαράσταση του ανακτόρου μοιάζει περισσότερο με σκηνικό εμπνευσμένο από τις δικές του αντιλήψεις για τον Μινωικό πολιτισμό, παρά με πιστή αποτύπωση του αρχαιολογικού παρελθόντος. Πολλοί ερευνητές σήμερα μιλούν για μια «μινωική Disneyland» — ένας όρος που υπογραμμίζει την απόσταση ανάμεσα στην επιστημονική αλήθεια και την αισθητική εντύπωση που αποκομίζει ο επισκέπτης.
Ακόμη ένα ζήτημα αφορά τον διαχωρισμό μεταξύ του αρχαιολογικού χώρου και των αρχαιολογικών ευρημάτων. Το ανάκτορο της Κνωσού, όπως παρουσιάζεται σήμερα, είναι σχεδόν άδειο. Τα περισσότερα και σημαντικότερα ευρήματα φυλάσσονται και εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου. Έτσι, το κοινό δεν έχει τη δυνατότητα να δει τα αντικείμενα στο φυσικό τους πλαίσιο, γεγονός που δυσχεραίνει την εμπειρία κατανόησης του αρχαίου κόσμου.
Ανεξαρτήτως των αντιπαραθέσεων, το έργο του Έβανς έφερε στο φως δύο φάσεις του μινωικού ανακτόρου. Το παλαιότερο χρονολογείται μετά το 2100 π.Χ. και φαίνεται πως καταστράφηκε γύρω στο 1700 π.Χ., πιθανότατα λόγω ισχυρού σεισμού. Το νέο ανάκτορο οικοδομήθηκε περίπου το 1450 π.Χ., για να καταστραφεί περί το 1350 π.Χ., μάλλον από πυρκαγιά. Η καταστροφή αυτή συμπίπτει χρονικά με την πτώση του Μινωικού πολιτισμού και το τέλος της Εποχής του Χαλκού στην Κρήτη.
Το 1911, ο Άρθουρ Έβανς τιμήθηκε με τον τίτλο του ιππότη για τη συμβολή του στην αρχαιολογία. Απεβίωσε το 1941, σε ηλικία 90 ετών, αφήνοντας πίσω του ένα έργο που ακόμη και σήμερα προκαλεί θαυμασμό, αλλά και επιστημονική συζήτηση.
